Применение метода мультилокусного секвенирования для наблюдения за циркулирующими штаммами B.pertussis

Достижения молекулярной биологии в последние 20 лет и разработка молекулярно-генетических методов позволяют осуществлять не только быструю диагностику инфекционных заболеваний, но и на высокотехнологическом уровне следить за их возбудителями. Очевидные недостатки фенотипических методов способствовали развитию современных методов генотипирования, оценивающих взаимосвязь между биологическими свойствами штаммов (иммунотип), их эволюционным происхождением и клональной принадлежностью. Среди таких методов – мультилокусное секвенирование (МЛСТ) – один из наиболее перспективных методов типирования микроорганизмов, который позволяет охарактеризовать штаммы микроорганизмов с использованием ДНК-секвенирования внутренних фрагментов генов с определением их аллельных вариаций и сиквенс-типа. Метод МЛСТ дает возможность получить генетическую характеристику эпидемически связанных штаммов, оценивать распространение штаммов с различной генетической структурой, дифференцировать штаммы не только в пределах одной страны, но и сопоставлять с международной базой сиквенс-типов (www.mlst.net). В последние годы МЛСТ является одним из самых высокоинформативных и высокопроизводимых методов генотипирования. Метод МЛСТ используется во многих европейских странах для генетической характеристики циркулирующих штаммов B.pertussis.

В работе представлены результаты МЛСТ 71 штамма B.pertussis, выделенных от больных коклюшем в России в период 2005-2011 гг. Метод МЛСТ основан на изучении комбинаций аллелей генов ptxA, ptxC и tcfA. Показано, что в последние 5 лет циркулирующая популяция штаммов B.pertussis в основном представлена штаммами сиквенс-типа ST-5 (86% штаммов), относящегося к новому, современному клональному комплексу ST5-ST8. Также выделены штаммы сиквенс-типов ST3, ST2, ST1 и ST8. Проведен филогенетический анализ штаммов различных сиквенс-типов, отражающий изменения, которые происходят в генотипе популяции B.pertussis. (См. статью: Ивашинникова Г.А. с соавт. “Применение метода мультилокусного секвенирования для наблюдения за циркулирующими штаммами B.pertussis”).
"Здоровье населения и среда обитания", 2012, № 9, с. 28 - 30.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий