Возможности биологических микрочипов в этиологической верификации острых кишечных инфекций бактериальной этиологии

Острые кишечные инфекции (ОКИ) бактериальной этиологии остаются одной из актуальных проблем здравоохранения практически всех без исключения стран мира, причем в большинстве случаев (65-80%) этиология заболевания остается не установленной. Низкий уровень этиологической верификации диагноза является причиной диагностических ошибок и недифференцированного подхода к проведению лечебных и противоэпидемических мероприятий.

Целью настоящей работы явилась разработка ДНК-микрочипа для единовременной идентификации бактерий родов Salmonella, Shigella и энтероинвазивных E. coli, Campylobacter, Klebsiella, Proteus в фекалиях и оценка результативности клинического применения ДНК- микрочипа в сопоставлении с результатами классических бактериологических методов и референтного ПЦР исследования.

Материалом для исследования служили фекалии 140 пациентов ОКИ, которые были исследованы рутинными бактериологическими методами и методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на наличие генетического материала бактериальных возбудителей ОКИ с помощью принятых за референтные коммерческие наборы с элек-трофоретической детекцией результатов «АмплиСенс Salmonella spp.», «АмплиСенс Shigella spp., EIEC» (ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора) и наборов для амплификации ДНК Campylobacter jejuni, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumonia «GenPak» Isogene Lab., ltd, (Россия), по программам фирм-производителей. С помощью базы данных «GenBank» были составлены оригинальные праймеры для амплификации участков генов Salmonella spp., Shigella spp. и энтероинвазивных E. coli, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis и сконструирован ДНК-чип с зондами перечисленных микроорганизмов, оптимизированы условия мультиплексной ПЦР тест-системы с детекцией результатов с помощью ДНК-чипа.

В бактериологических исследованиях сальмонеллёзная этиология была установлена у 34 пациентов и шигеллезная – у 12, что суммарно составило 32,9% случаев. Исследование в ПЦР позволило выявить генетический материал патогенных бактерий в исследуемом биологическом материале от больных у 76 пациентов, что составило 54,3% наблюдений.

Сравнительная характеристика результатов клинического применения разработанной тест-системы с таковыми при исследовании с применением референтных тест-систем показала, что сопоставимость методик по результатам идентификации сальмонелл составила 99,3% при диагностической чувствительности разработанной системы 97,4% и специфичности 100%. По Klebsiella pneumoniae показатель сопоставимости составил 98,0% при диагностической чувствительности - 100,0% и специфичности - 98,0%. В отношении остальных микроорганизмов системы продемонстрировали полную сопоставимость по диагностической чувствительности и специфичности.

Таким образом, клиническое применение разработанной тест-системы с использованием ДНК-микрочипа, как и метода ПЦР с электрофоретической детекцией результатов, повысило долю возможной верификации этиологии ОКИ с 32,9% до 54,3% с сопоставимостью показателей диагностической специфичности и чувствительности и сокращением материальных затрат на проведение исследования. (См. Материалы Второго конгресса Евро-Азиатского общества по инфекционным болезням: Айвазян С.Р. с соавт. “Возможности биологических микрочипов в этиологической верификации острых кишечных инфекций бактериальной этиологии”).
"Журнал инфектологии", 2012, № 3, приложение, с. 7.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий