Определение генетической структуры ротавирусов группы А, циркулирующих в Московском регионе, методом ПЦР в режиме реального времени

В настоящее время ротавирусы остаются одной из основных причин тяжелых форм острых кишечных инфекций у детей раннего возраста. Постоянные мониторинговые и скрининговые наблюдения за ротавирусной инфекцией важны как для планирования противоэпидемических мероприятий, так и для прогнозирования эффективности ротавирусных вакцин различного состава в отдельно взятом регионе.

Существующая сегодня методическая и инженерно-технологическая база позволяет проводить как фрагментарное, так и полногеномное секвенирование, обеспечивая необходимой первичной информацией практически любой тип генетических исследований. Однако применение таких высокотехнологичных методов исследований малодоступно и используется в единичных случаях, в то время как оценка динамических характеристик ротавирусной инфекции нуждается в постоянных мониторинговых и скрининговых наблюдениях. В связи с этим сохраняется потребность в методических подходах, позволяющих конструировать тест-системы генотипирования ротавирусов, пригодные для широкомасштабного применения. С учетом генетических особенностей ротавирусов перспективным для решения этой проблемы представляется метод мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ).

Цель исследования – оценка эффективности метода мультиплексной ПЦР-РВ при пилотном исследовании генетической структуры штаммов ротавирусов группы А, циркулирующих в обследуемом ареале.

Методом ПЦР-РВ с использованием типоспецифических праймеров и зондов собственной разработки исследовано 70 клинических образцов, содержащих ротавирусы, собранных на территории Московского региона в 2009-2011 годах. Варианты гена G были определены в 91,4% случаев, гена Р – в 87,1%, гена I – в 81,5% случаев. Выявлены доминирующие генотипы ротавирусов – G4 [P8], G1 [P8] и мало представленные – G3 [P8], G2 [P4] и G9 [P8]. Показанная в работе высокая эффективность ПЦР-РВ позволяет предложить этот метод в качестве альтернативы традиционно используемым подходам к генотипированию ротавирусов. (См. статью: Бахтояров Г.Н. с соавт. “Определение генетической структуры ротавирусов группы А, циркулирующих в Московском регионе, методом ПЦР в режиме реального времени”).
"Эпидемиология и вакцинопрофилактика", 2012, № 6, с. 35 - 39.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий