Разработка ДНК-чипа для комплексной диагностики ИППП

Некоторыми исследователями отмечается, что заболевания мочеполового тракта часто обусловлены участием в патологическом процессе ассоциаций патогенных и условно-патогенных микроорганизмов. Выявление таких микробных ассоциаций может осуществляться с использованием как классических методов микробиологии (бактериоскопия, культуральное исследование), так и современных молекулярно-биологических методов: полимеразной цепной реакции, гибридизации ДНК микроорганизмов со специфическими олигонуклеотидными зондами на ДНК-чипе.

Актуальность развития комплексной диагностики ИППП с использованием ДНК-чипов обусловлена необходимостью проведения одномоментного многопараметрического анализа состава бактериальной флоры (в том числе некультивируемых или трудно культивируемых микроорганизмов), входящей в состав ассоциаций микроорганизмов-возбудителей ИППП, путем идентификации большого набора ДНК микроорганизмов непосредственно в клиническом материале, что повышает чувствительность и специфичность исследования, сокращает время обследования пациентов, позволяет снизить материальные затраты, связанные с проведением культуральной диагностики.

Развитие направлений по разработке ДНК-чипов для комплексной диагностики ИППП осуществляется ФГУ "ГНЦД Росмедтехнологий" в рамках Федеральной целевой программы "Предупреждение и борьба с социально значимыми заболеваниями (2007-2011 гг.)", в которую включена подпрограмма, направленная на борьбу с распространением ИППП.

Разработан ДНК-чип, предназначенный для комплексной диагностики спектра патогенных, непатогенных и условно-патогенных микроорганизмов мочеполовой сферы человека. Осуществлен подбор видоспецифичных олигонуклеотидных зондов. Синтезирована экспериментальная партия ДНК-чипа; проведена оценка чувствительности и специфичности разработанного ДНК-чипа с использованием 150 образцов биоматериала, полученных от пациентов с подозрением на заболевания мочеполовой сферы и здоровых лиц. Установлена высокая (100%) чувствительность и специфичность выявления на ДНК-чипе трех патогенных микроорганизмов ( N.gonorrhoeae, C.trachomatis и M.genitalium) и высокая (100%) чувствительность выявления на ДНК-чипе ряда непатогенных ( Lactobacillus spp., Lactobacillus brevis, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus gasseri, Lactobacillus salivarius, Lactobacillus vaginalis) и условно-патогенных микроорганизмов ( M.hominis, Gardnerella vaginalis, Bacteroides eggerthii, Bacteroides ovatus, Bacteroides thetaiotaomicron, Prevotella disiens, Prevotella melanogenica, Prevolella bivia, Streptococcus anginosus, Veillonella parvila, Peptostreptococcus anaerobius и Moraxella catarrhalis) и невысокая (ниже 70%) чувствительность выявления на ДНК-чипе других микроорганизмов, что могло быть связано с погрешностями, допущенными на разных этапах испытания экспериментальной партии ДНК-чипов. (См. статью: Лихарева В.В. с соавт. "Разработка ДНК-чипа для комплексной диагностики ИППП").

"Вестн. дерматол. и венерол.", 2009, № 4, с. 49 - 57.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий