Совершенствование метода детекции Coxiella burnetii в биологическом материале на основе амплификации гена groEL

Для детекции C.burnetii из молекулярно-биологических методов в настоящее время наиболее широко применяется полимеразная цепная реакция (ПЦР), обладающая высокой чувствительностью и специфичностью. ПЦР используется для мониторинга распространения C.burnetii в организме больного Ку-лихорадкой и контроля при лечении, для санитарно-гигиенической поверки продуктов питания и качества воды, для идентификации патогена во внешней среде, выявления его переносчиков и естественных резервуаров. Однако метод ПЦР имеет ряд недостатков, главным среди которых является наличие ложноположительных результатов. Причинами их возникновения являются как контаминация исследуемых образцов продуктами амплификации, так и неспецифичность праймеров, влекущая амплификацию фрагментов, не являющихся искомыми участками генома.

К настоящему времени известен ряд праймеров, применяемых для выявления C.burnetii в различных клинических образцах. При этом в качестве мишени для амплификации используются многочисленные гены и некодирующие последовательности: ген транспозазы IS1111; ген 16S rRNA, 23S rRNA, внутренний транскрибируемый спейсер 16S–23S rRNA, гены: супероксиддисмутазы (sod), CbbE, rpoB, com1 и ген изоцитратдегидрогеназы (icd). Указанные наборы праймеров малопригодны для целей мониторинга очагов Ку-лихорадки, основанного на ПЦР-анализе органов и тканей грызунов, поскольку не учитывают особенностей биологического материала. Это существенно осложняет детекцию C.burnetii методом ПЦР в образцах от диких мелких млекопитающих и снижает эффективность контроля за Ку-лихорадкой. Существуют единичные публикации, связанные с применением ПЦР для исследования полевого материала, но данные по сравнению эффективности применения различных праймеров для выявления очагов Ку-лихорадки в литературе отсутствуют.

Цель работы – совершенствование ПЦР для обнаружения C.burnetii в полевом материале путем создания набора праймеров, амплифицирующих фрагмент гена groEL.

Использованы штаммы C.burnetii, образцы органов полевых грызунов и лабораторных животных, кровь здоровых доноров и лабораторных животных. Применены методы выделения ДНК, ПЦР, электрофореза в агарозном геле.

Предложены нуклеотидные последовательности праймеров, амплифицирующих фрагмент гена groEL, позволяющие повысить специфичность ПЦР при работе с полевым материалом. Полученные данные открывают перспективу использования методики для выявления C.burnetii в объектах внешней среды. (См. статью: Фрейлихман О.А. с соавт. "Совершенствование метода детекции Coxiella burnetii в биологическом материале на основе амплификации гена groEL").

"Журн. микробиол.", 2010, № 4, с. 71 - 74.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий